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EM菌液渗入水体后，其群体作用能杀死或抑制病原微生物和有害物质，调整养殖生态环境，增加水中溶氧量（氧气），促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长，保持养殖水体的生态平衡；拌入饵料投喂，直接增强鱼类的吸收功能和防病抗逆能力，促进健壮生长。
关于呼和浩特菌液中，EM菌液它在水产方面应用广泛且有较多优越性。
EM菌液中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用中去除水中有害菌，因而能使养殖池中的排泄物和残饵污染得到净化，改善水质，减少鱼病。主要作用为：
2、增加有益微生物数量。水面浮游动物、有益藻类增多，特别是红虫不断增多至布满水面。
3、稳定和改善水质，水体颜色清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能见度在25－50cm的时间长且较稳定，换水时间可延长2倍以上。
4、鱼虾粪、池底杂质和下脚料不会变成淤泥而呈散沙状。
5、促进生长，增重率明显提高。实践证明，在同等环境下，用EM菌液后，可提前10－15天上市，平均亩产提高20%－35%，产卵量增加25%，产卵时间延长。有的试验表明，常温新鳖池用EM菌液后，产卵时间延长近70天，且孵化率较好，饵料不臭，改善了养殖环境。北京郊区某渔场在鱼苗试验中，试验组鱼苗体重为对照组的两倍，厦门某学院在小面积对虾养殖试验中，体重增重率达166.7%。
一般来说，按需要比例将EM菌液兑水稀释后喷洒水面及处理饵料投喂。
1、水产养殖用EM菌液的方法
① 池塘处理：池塘注水前1周，用100－300倍的EM菌液稀释液和EM菌液制作的防虫液代替石灰、漂白粉等均匀喷洒，消毒和净化池塘。
② 水质净化：在放养前3－10天，用EM菌液稀释液泼洒水面。视水质情况，开始15天1次，以后为1个月1次，水质较差的地方，适当缩短泼洒时间，比例可按总水量的一万分之一～十万分之一～三十万分之一投入EM菌液量。为了均匀喷施，先将EM菌原液稀释后使用。
③ 鱼饲料的处理：由于鱼饲料为颗粒状，可用200倍的EM菌液稀释液喷洒饵料，喷湿为度，马上投喂，以免散开。
⑤ 鱼病防治：如出现鱼浮头和泛塘现象，可用EM菌液稀释液均匀泼洒水面，3－5小时可好转，鱼恢复正常。此后可隔1－2天再泼1－2次。个别的真菌性鱼病、细菌性肠炎、烂鳃病、打印病等可将病鱼涝出，用EM菌原液10－50倍直接涂擦病灶，也可用EM菌液100－150倍稀释液浸泡病鱼（直到鱼出现轻微浮头止），几天后即可痊愈。
2、大型湖泊、水库的网箱养鱼使用EM菌液的方法
① 放养前处理：鱼种放养前应对养殖水面进行清塘，清塘时，用EM菌液制成的防虫液兑水50－100倍直接泼洒凶猛性鱼类或野杂鱼的产卵场，破坏其繁殖生长环境，控制其群体数量。
② 用EM菌液发酵饲料饲喂，也可参照四大家鱼饲料处理的方法。
③ 用海绵等蜂窝状的物体在红糖和EM菌液的混合液（10倍左右）中浸泡24小时，再悬挂在网箱中间，通过鱼儿的游动使EM菌原液不断地扩散，EM菌液悬挂物7天左右更换1次，可以使网箱的水体环境完全改观。
在呼和浩特菌液中EM菌液在水产养殖上取得明显成效，应连续配套使用。即在用EM菌液制作各种饲喂料的同时，按要求用EM菌液稀释液喷洒干池和水面。
